Als Nachfolger von Pfarrer Michel wird Pfarrer Michael Janßen aus Altenbochum zusätzlich mit der Aufgabe des Pfarrers der Fronleichnamgemeinde betraut. Im Oktober wird er als Pfarrer der Fronleichnamgemeinde eingeführt. In das Pfarrhaus zieht Pastor Arnold Nentwig, der mit der Seelsorge in Laer beauftragt wird.
Schon 2004 gibt es einen weiteren Wechsel auf der Pfarrerstelle: Pfarrer Janßen wechselt nach Mülheim und Ulrich Kosch wird als Pfarrer der beiden Gemeinden Liebfrauen/Altenbochum und Fronleichnam/Laer eingeführt.
Die Gemeinde versucht schrittweise die beschlossene Kooperation mit der Altenbochmer Nachbargemeinde mit Leben zu füllen. Erste Schritte in der gemeinsamen Sakramentenkatechese werden gemacht. Die Pfarrgemeinderäte tagen in gemeinsamen Sitzungen.
Im April 2005 stellt Bischof Felix Genn das Zukunftskonzept für das Bistum vor. Auch die Fronleichnamgemeinde ist betroffen. Die Gemeinde in Laer soll mit der Liebfrauengemeinde zusammengelegt, die Kirche geschlossen werden. Eine Pfarrversammlung im September 2005 bringt nicht mehr Klarheit, was an dem Vorschlag des Bischofs noch veränderbar ist. Die Gemeinde ergreift eine tiefe Verunsicherung.
Andererseits engagieren sich die Gemeindemitglieder in vielen Bereichen weiter. Es wird weiterhin Pfarrfest gefeiert, die Sternsingerinnen und Sternsinger besuchen wie immer die Familien im Stadtteil und verteilen den weihnachtlichen Segen, das Jubiläum "25 Jahre Partnerschaft mit Schweidnitz" wird gefeiert. Die Chorgemeinschaft, die KAB und die KJG feiern ihre jeweiligen Gründungsjubiläen. Ökumenische Kontakte und Aktionen bestehen weiter.
Der Pfarrgemeinderat beschließt, Ende 2005 einen gemeinsamen Pfarrgemeinderat für die Gemeinden Liebfrauen und Fronleichnam zu wählen.
Im Januar 2006 wird es durch ein Hirtenwort des Bischofs dann klar: Im Jahr 2008 werden die Gemeinden Fronleichnam und Liebfrauen nach 95 Jahren wieder zusammengelegt und die Fronleichnamkirche geschlossen.
Im Jahr 2007 feiert der Kindergarten Fronleichnam das 25jährige Jubiläum des Einzugs in das Gebäude an der Claus-Groth-Straße.
Zum 1. Januar 2007 wechselt Pfarrer Kosch in die Pfarrei Elisabeth/Gerthe. Dadurch ist die Pfarrerstelle von Fronleichnam seit 2001 nun schon zum dritten Male vakant. Gleichzeitig wird die Zahl der Gottesdienste so reduziert, dass am Wochenende nur noch die Vorabendmesse samstags (keine hl. Messe am Sonntag) gefeiert wird.